Die Kirchenmusik wird an unserer einfachen, aber wohlklingenden Orgel, sowie in mehreren musikalischen Kreisen gepflegt.

Eine lange Tradition hat unser Kirchenchor. Er wurde vom ersten Organisten und Chorleiter der Gemeinde, Hans Martin Balz, schon bald nach seinem Amtseintritt im Jahr 1961 gegründet und besteht seitdem ununterbrochen. Aktuell wird er von Agnes Gudelke geleitet, die auch regelmäßig als Organistin die Gottesdienste musikalisch gestaltet.

Der Chor bereichert, ebenso wie der Flötenkreis, regelmäßig die Gottesdienste. Alle ein bis zwei Jahre sind die beiden in einem Konzert zu hören.

Mit dem Gospelchor der drei Gemeinden in der Region Martinsviertel wird das musikalische Angebot um ein weiteres Element ergänzt.

Aber auch andere Musiker, wie z. B. Stipendiaten der Da Ponte Stiftung, gastieren gerne in der Thomasgemeinde. Und nicht zuletzt ist die Thomasgemeinde jedes Jahr im Dezember Spielstätte im Rahmen der Darmstädter Gitarrentage.