Die gemeindliche Kinder- und Jugendarbeit hat ihre Grundlage im christlichen Glauben. In unserer zunehmend leistungsorientierten Gesellschaft erfahren die Kinder und Jugendlichen hier, dass sie unabhängig von ihrer eigenen Leistung wertvoll sind. Sie sind „Gottes geliebtes Kind“, unabhängig von schulischen Noten, Aussehen oder körperlichen Einschränkungen. Sie erleben Gemeinschaft, können sich sportlich betätigen und kreativ entfalten. Dabei lernen sie die Inhalte und Werte des christlichen Glaubens kennen und erhalten Orientierung für ihr Leben.
Die Angebote für Kinder und Jugendliche in der Thomasgemeinde basieren zum großen Teil auf der Kooperation der Thomasgemeinde mit dem Evangelischen Jugendwerk (EJW).
Für sechs- bis zwölfjährige Mädchen und Jungen gibt es die Jungschar, für Jugendliche von 13 bis 16 Jahren den Jugendkeller. In den Ferien bietet das EJW Ferienspiele an.
Des weiteren sind in der Thomasgemeinde zwei Pfadfinder-Gruppen der Heliand-Pfadfinderschaft zu Hause. Ziel dieser vom EJW getragenen Pfadfinderschaft ist es, den Jungs eine gelebte Gemeinschaft, christlichen Glauben und Umweltbewusstsein näherzubringen.
Bei der jährlich stattfindenden Aktion "Ökumenische Sternsinger" kooperieren die drei evangelischen Gemeinden im Martinsviertel mit der katholischen Gemeinde St. Elisabeth.